工资扣除50%是否合理？

1，要看是否符合劳动者解除劳动合同的情形。如果不符合，那可能要赔偿公司损失。如果符合则没事。2，扣除20%，要具体看劳动合同是否有相关规定。若没有此类规定，要具体看公司的损失
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按照合同约定处理
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劳动法工资扣除标准：1、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，从劳动者本人的工资中扣除相应的经济赔偿。但是每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十；2、如果扣除后的剩余工资，部分低于当地月最低工资标准的，那么用人单位需要按照最低的工资标准进行支付。克扣工资一般是指，用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括以下减发工资的情况：1、国家的法律、法规中有明确规定的；2、依法签订的劳动合同中有明确规定；3、用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的。法律依据：：《工资支付暂行规定》第十六条  因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。